结膜炎的用药要结合患者的症状、感染的类型等情况综合分析。
如果患者是常规的细菌感染，一般是给予氧氟沙星等抗生素类眼药水治疗。如果是病毒感染所致的结膜炎，例如带状疱疹病毒性角结膜炎，则应给予泛昔洛韦、阿昔洛韦等抗病毒类的眼药水。如果是由于过敏所致的过敏性结膜炎，则应给予依美斯汀滴眼液等。
如果结膜炎引起了眼睛的干涩，还用叠加人工泪液眼药水，以保证眼球的湿润。如果病变波及角膜，引起上皮损伤，可给予重组人表皮生长因子眼用凝胶。