肾结石为5mm大小时，绝大部分患者是能够自行排出体外的。对于肾结石较小的患者，在增加饮水量和跳跃运动后，可将肾结石随着尿液排出。如果通过以上处理后肾结石未完全排出，可给予排石颗粒等药物促进结石排出。
但是如果存在输尿管狭窄或者畸形时，即使肾结石较小也是难以排出体外，对于这类患者需要行手术治疗，纠正输尿管畸形、扩张输尿管后肾结石仍可自行排出，必要时可行经皮肾镜穿刺取石进行治疗。
为了预防肾结石再发，在治疗后应该保持每日饮水量大于2000mL，勤运动，并减少进食富含钙盐和草酸盐的食物。