凌晨胃痛可能是十二指肠球部溃疡或十二指肠球炎导致，也可能是心脏病的相关表现，可以做相关检查具体明确。如果经常出现凌晨胃痛，首先建议胃痛发作时做心电图检查，看一下是否是心肌缺血导致的上腹痛。
如果排除心肌缺血，接下来可以做电子胃镜检查看一下是否存在十二指肠球部炎症或溃疡。如果镜下看到十二指肠球部黏膜明显充血、水肿和溃疡病灶形成，可以明确上述诊断。
同时，可以用抑制胃酸分泌的质子泵抑制剂，比如奥美拉唑、雷贝拉唑，保护黏膜的药物，比如硫糖铝混悬凝胶、康复新液等治疗，同时需要完善幽门螺杆菌感染相关的检查。如果同时存在幽门螺杆菌感染，建议及时根除幽门螺杆菌治疗。