酒黄连具有泻火解毒、燥湿、健胃、杀菌消炎、杀虫等功效，能用于治疗热盛心烦、痞满不舒、消渴、吐血、疥疮、目赤红肿、肠炎、上呼吸道感染等。
黄连酒制过后，颜色加深，味苦，略带有酒气。酒黄连能清上焦火热，治疗目赤、口疮。黄连经过炮制后，主要成分并无明显变化，仅有小檗碱的含量有所降低，可能这就是其功效与生黄连有所不同的原因。
黄连善于温胃止呕，治疗肝胃不和、呕吐吞酸，使用时具体选择哪种炮制方法，还要针对治疗的疾病来决定。