巢囊肿的治疗方法要根据卵巢囊肿的性质而决定。
卵巢囊肿常见的有生理性囊肿，也就是在月经的后半期排卵之后形成的黄体囊肿。这种情况是由于血内的激素水平导致的生理性囊肿，不需要治疗。一般建议在月经结束以后两到3天进行超声复查，大多数囊肿会自行消失。这种情况不需要进行治疗。
卵巢的炎性囊肿，包括输卵管卵巢脓肿和卵巢的局部的脓肿形成。那么往往由于慢性盆腔炎导致的，局部的粘连包裹形成的囊性肿物。因此，是需要抗炎治疗的，在急性发作的时期给予规范的抗生素治疗，可以避免局部形成囊肿，或者是脓肿的反复发作。
子宫内膜异位囊肿是比较常见的卵巢囊肿，是由于异位的内膜组织种植于卵巢组织形成的卵巢巧克力囊肿，这种情况治疗的方法有很多，可以采取手术治疗，也可以采取药物的保守治疗。