小袋纤毛虫病的治疗，主要以抗炎的药物为主，常用的药物为甲硝唑，四环素也具有良好的效果。
小袋纤毛虫病属于肠道的寄生虫病，猪是主要的传染源，人通过粪口途径发生感染。人感染小袋纤毛虫病后，可以表现为腹痛、腹泻的症状，部分患者可以表现为脓血便、里急后重。此病的治疗包括两个方面：
一、是对病原虫进行治疗，杀灭体内的寄生虫。
二、是要对周围的环境进行治疗，尤其是要对猪的粪便进行严格的管理，避免猪粪便污染饮用水或者食物，防止反复感染。