半夜胃反酸是胃酸分泌比较多所致，可以应用抑酸类的药物，比如泮托拉唑、埃索美拉唑、雷尼替丁等。这类药物进入胃内后直接作用于胃壁细胞，能抑制胃腺分泌胃酸，减少胃酸反流。同时，可搭配枸橼酸铋钾、硫糖铝、碳酸氢钠等药物治疗。此类药物能中和胃酸，也有利于受损的胃黏膜再生。
大多数反酸是胃蠕动比较慢引起，也可以适当给予多潘立酮、伊托必利等加快胃的排空，能减少胃酸反流。
也可以结合应用中药调理，常用的中药有香砂养胃丸、胃苏颗粒、气滞胃痛冲剂等，调理3个月的时间能得到明显好转。