肥厚性心肌病是一种跟遗传因素有关的疾病，不管是药物治疗还是其它治疗，都是不能治好的，只能通过合理的治疗改善心脏功能，延缓患者的生存期。
对于无症状的肥厚性心肌病，可以用β受体阻滞剂或非二氢吡啶类钙离子拮抗剂治疗，以延缓心室重构，延缓病情进展。对于有症状的肥厚性心肌病，可以用丙吡胺治疗或联合β受体阻滞剂。同时应该使用抗凝药预防附壁血栓的形成，还应该适当选用抗生素，以预防心内膜炎的发生。
对于药物治疗效果差或无效的难治性肥厚性心肌病，可以采取手术或消融的方式治疗。