沙眼衣原体感染有可能会复发。一方面，患者感染沙眼衣原体患病，在病情有效治疗且恢复后，仍然会有再次感染沙眼衣原体的可能。
另一个方面，如果患者在治疗沙眼衣原体感染时，病症治疗并不彻底，沙眼衣原体可能会潜伏在体内。当患者由于各种原因出现免疫力下降等情况时，这种感染性疾病会再次复发。
因此，为了尽量避免沙眼衣原体的复发。患者在日常生活中需注意保持良好的眼部卫生习惯，减少熬夜或者过度用眼。在治疗疾病时，遵守医嘱，坚持服药。