抗病毒治疗主流选择有两个方向，干扰素与核苷类药物。干扰素是临床上比较常用的抗病毒治疗，乙肝大三阳在降低肝癌发生率，抗纤维化发生率时，干扰素抗病毒效果更为明显。其主要是通过细胞表面受体作用，使细胞产生抗病毒蛋白，从而抑制乙肝病毒的复制。
同时，打干扰素还可以增强自然杀伤细胞、巨噬细胞的活力，从而起到免疫调节作用并增强抗病毒能力。乙肝大三阳患者在打干扰素期间，还应该多吃新鲜的水果和蔬菜。
另外，由于乙肝大三阳肝脏功能减弱，可以适量多吃碳水化合物，有利于肝糖原的储备，保护肝脏，维持一些肝脏的正常功能。