脑干血栓的2~14天是危险期。脑干血栓在发病之后2个星期都是脑水肿时期，这期间患者的病情比较危重。其中大部分患者都是在发病2天后开始出现水肿，3~5天进入到高峰期，1周之后水肿才能够逐渐消失，很容易出现感染、死亡等问题，因此这段时间都属于危险期。
处于急性期的脑干血栓患者，可采取抗血小板凝聚治疗、神经保护治疗以及改善血液循环治疗，帮助提升脑部血液循环速度，去除水肿、保护神经。
对适合进行溶栓治疗的患者，可以进行静脉溶栓治疗，同时还需要使用丁苯酞等药物，改善患者神经功能缺损表现，等病情稳定好转后，再进行康复治疗和针灸等治疗。