扁桃体周围脓肿在疾病早期的时候，通常以药物治疗为主。
扁桃体周围脓肿的早期，通常类似急性扁桃体炎的症状，脓肿尚且没有完全形成，此时通过口服或者静脉输液的方式，尽快给予足量的头孢或青霉素等抗生素类药物，可以有效的控制炎症的扩散范围，防止脓肿形成，同时也可以避免其他并发症的出现。如果此时足量的抗生素药物应用及时，通常脓肿就不会再次发生。
如果扁桃体脓肿疾病经常发作，可以选择在炎症消退之后进行扁桃体的切除手术。