目前婴儿嗜酸性细胞胃肠炎的病因并未明确，一般考虑跟过敏因素、变态反应有关。大部分患者个人或家族存在哮喘、过敏性鼻炎等病史，部分患者的症状可由某些食物或某些药物诱发。某些病人摄入某些特异性食物后，血中IgE水平增高，并伴有相应的症状，因而认为本病与特殊食物过敏有关。
另外镜下一般表现黏膜水肿、充血、增厚，并且有浅表的溃疡、糜烂，一般肠道病变多为弥漫性，受累的肠壁出现水肿、增厚，并且浆膜面失去光泽，有纤维渗出物覆盖，所以根据这些情况，镜下表现以及血常规显示的嗜酸细胞增多，还可考虑病因跟变态反应也有关联。