卵巢囊肿是否对身体有危害，取决于卵巢囊肿的性质、囊肿的大小以及是否出现了并发症。
妇科最常见的卵巢囊肿大多数都是良性的，这类良性的卵巢囊肿，而且当体积不够大，对身体不会有明显的伤害，甚至大部分女性不会察觉到自己长了卵巢囊肿。如果囊肿较大，因为外界的一些刺激，比如体位的变化，出现了卵巢囊肿的蒂扭转，甚至发生了囊肿的破裂，会直接导致腹痛。这是一种急腹症，需要急诊治疗，必要的时候要手术治疗，严重时会导致一侧的卵巢坏死。
如果卵巢囊肿是恶性的时候，早期可以没有明显的症状。晚期会出现腹胀、全身消瘦、大小便异常、不规则的阴道流血等，这时就会严重的影响身体，甚至威胁生命。