女性衣原体感染主要表现为白带增多，下腹部不适，有时外阴瘙痒，检查时宫颈口有程度不等的红肿，有炎性分泌物。用宫颈管内做细菌培养+药敏，检查出有衣原体，就可以确诊。
女性生殖器衣原体感染和以下疾病相鉴别：
1.细菌性阴道病。是阴道内正常菌群失调所致的一种混合感染。主要表现为阴道分泌物增多，有鱼腥臭味，尤其性交后加重，可伴有轻度外阴瘙痒或烧灼感。妇科检查时可以看到阴道粘膜无充血的炎症表现，分泌物特点为灰白色，均匀一致，稀薄，常粘附于阴道壁，但粘度很低，容易将分泌物从阴道壁擦掉。化验白带时在显微镜下可以看到加特纳氏菌和线索细胞。做胺臭味试验为阳性。
2.霉菌性阴道炎：外阴阴道瘙痒，白带为白色稠厚呈凝乳块状或者豆渣样，阴道壁有白色假膜，真菌检查阳性。
3.滴虫性阴道炎：阴道分泌物增多、稀薄、脓性、黄绿色、泡沫状，味恶臭，可有尿道炎，膀胱炎，宫颈炎，尿道旁腺炎及巴氏腺感染，偶有肾盂肾炎，可有血尿，宫颈充血、水肿及出血，呈莓状外观。化验白带可以看到阴道毛滴虫。