骨窝囊肿是否需要动手术，需要根据病情的轻重决定。
对于原发性的骨骼囊肿，如果囊肿不大，没有症状的可以不用特殊治疗。如果囊肿较大的，可以通过用针刺抽取囊肿内的液体，并向囊腔内注射药物治疗，多数可痊愈。也可应用舒筋活血、消肿止痛的中药外敷，因为药膏外敷渗透力较强，直达病灶，恢复局部的组织血液循环。
如果经过药物保守治疗无效的情况下，囊肿会压迫局部的神经和血管，还容易引起下肢出现肿胀疼痛。这时候需要做手术将骨窝和囊肿分离，将完整的囊壁切除。