第一，胃梅毒和胃癌的发病原因不同，胃梅毒是由于梅毒螺旋体感染引起的病变，胃癌是正常的胃黏膜细胞发生变异导致的，胃梅毒主要以胃部的损伤为主，胃癌可以表现为胃黏膜的增生、溃疡，可以对患者的胃部造成浸润性的破坏。
第二，胃梅毒不会发生转移，可以完全治愈，胃癌会对胃及周围组织器官造成破坏，还可以发生全身性的转移，患者的生存时间会明显缩短。
第三，治疗的方式不同，胃梅毒主要以抗感染的治疗为主，幽门梗阻的患者需要手术治疗，胃癌的患者要给予手术和药物化疗。