肠系膜囊肿手术的方式，需要根据患者的囊肿大小、囊肿的部位以及囊肿的性质来决定手术治疗的方式，同时也与患者的个人身体状况有一定关系。
临床当中比较常推荐的手术方式是囊肿切除手术，以及囊肿与肠腔吻合术、囊肿部分切除手术，部分患者也可以通过腹腔镜手术，其中最好的手术方式也是最理想的手术方式是囊肿切除术，考虑到肠系膜与肠管比较靠近，有可能需要同时将与囊肿相连的肠管一并切除。
手术后要注意休息，避免剧烈的运动，根据医嘱行流质或者半流质饮食。