临床上甲胎蛋白在不同的肝癌患者中的数值是不固定，并且每个患者的数值也是差异显著的。
因为大多数的原发性肝癌患者会出现甲胎蛋白的指标升高，并且升高达到200μg/L或者400μg/L，持续一段时间。并且排除其他导致甲胎蛋白升高的疾病后，就可以做出肝癌的诊断。但是，在不同肝癌患者之间，指标增高的幅度是不同的。在同一患者的疾病发展不同阶段，甲胎蛋白升高的幅度以及具体的数值也是不固定。
一般早期患者的数值低于晚期患者，给予了手术、放化疗等抗肿瘤治疗后有效的患者，甲胎蛋白会出现指标的明显下降，甚至恢复到正常的水平。