卵巢巧克力囊肿典型的症状就是发生和月经周期有关的痛经现象。这主要是因为卵巢巧克力囊肿，他是异位的子宫内膜种植在卵巢上所引起的，子宫内膜同时具有周期性的变化，每个月都会发生剥脱以及出血，导致巧克力囊肿体积逐渐增大。
就会发生伴随来月经的痛经现象，并且这种痛经是一个月比一个月加重。此外，卵巢巧克力囊肿还可以引起女性出现月经量增多，月经时间延长。部分女性可以造成失血性贫血，出现头晕、乏力等现象。巧克力囊肿还改变了女性盆腔的内环境，导致一部分女性出现受孕困难。