咽囊炎大多数是无法自愈的。
一方面，咽囊炎本身就属于一种炎症感染性疾病，疾病发病后，患者的咽囊内会形成脓肿，脓液不能有效排出。身体的抵抗力通常无法自行促进脓液的吸收或消失，因此不容易自愈。另外一方面，咽囊炎大多继发于鼻炎、鼻窦炎，以及腺样体手术后形成的封闭式隐窝的感染，因此原发性疾病没有得到有效的治疗后，咽囊炎也是无法自愈的。
如果想要治疗咽囊炎，在疾病发病初期，可以选用足量的抗生素类药物，但如果脓肿已经形成，可以选择手术治疗。