乙肝大三阳甲胎蛋白高可以进行如下处理：
首先，进行肝功能检查。如果出现谷丙转氨酶和谷草转氨酶升高，说明乙肝大三阳处于肝炎状态，也就是病毒活动期。这类患者有可能会使甲胎蛋白增高，因为肝脏在炎症破坏后的修复过程中就会合成甲胎蛋白，导致血清中甲胎蛋白升高。
其次，如果肝功能是正常的情况下出现甲胎蛋白升高，要高度怀疑是否在乙肝大三阳的基础上合并肝癌。可以立即予以肝脏增强磁共振检查，以排除肝癌的可能。
总之，甲胎蛋白在肝脏炎症和肝癌时都会升高，但是后者的升高程度要远远高于前者。