肾萎缩主要会引起高血压、肾衰竭等并发症。如果肾萎缩为肾动脉狭窄，或者是梗阻因素所导致，就会使血浆肾素水平逐渐升高，从而引起高血压。如果是双侧肾脏都出现了萎缩，肾脏功能可能会逐渐地丧失，最终发展成为肾衰竭或者是尿毒症。
此外，肾衰竭治疗不及时还会导致全身系统受到影响，可引起呼吸衰竭、高钾血症等严重的并发症，会危及患者生命。
因此，在出现肾萎缩的相关症状后，应及时予以治疗，主要包括药物治疗或手术治疗。如果存在尿毒症，还需长期进行透析治疗或者是换肾手术。