鼓膜穿孔手术过程中是不会痛苦的。因为在进行鼓膜穿孔手术治疗之前，医生会为患者注射麻醉药物，在全麻的状态下进行手术，因此手术过程中患者本人并不会有任何的感知。
医生通常会根据患者鼓膜穿孔的具体情况，例如是否可以观察到鼓膜穿孔的前下缘，中耳腔内是否有明显的炎症感染等情况，来确定在耳内或者是耳后进行切口，之后根据鼓膜穿孔的面积，选择进行筋膜的内部移植或者是外部移植。
鼓膜穿孔手术治疗后，通常3-4周左右，新生的鼓膜就可以基本形成。