可服用活血化瘀或利尿消炎的中药治疗非淋菌性尿道炎，例如黄芪、车前子、泽泻、陈皮、升麻、白术、黄花、乌药、益智仁、石菖蒲、柴胡、当归等，这些药物可以有效的改善患者的不适症状，但是想要达到标本兼治的效果，仍然需要配合西药。
非淋菌性尿道炎主要是因为沙眼衣原体、支原体感染引起的，需要选择敏感抗生素药物治疗，例如左氧氟沙星等氟喹诺酮类抗生素，对衣原体、支原体效果非常好，高度敏感。
也可选择大环内酯类的抗生素药物，例如红霉素、阿奇霉素。