感染变异新冠病毒后是否会留下后遗症，与变异病毒对身体侵袭特性，机体免疫能力以及治疗规范程度有关。
新冠病毒变异后对身体的损伤特性会产生一定改变，其方向存在加强、减弱、不变等形式。如果变异后，新冠病毒对于身体损伤特性减弱，则留有后遗症的概率会降低；如侵袭性变强，则容易导致靶器官严重感染，增加留有后遗症的可能性。
如果新冠病毒变异后，以肺部侵袭性增强为主要特点，在治疗后留有肺纤维化、慢性肺功能不全等后遗症的可能性相应增加。