特异性角结膜炎以及特异性春季角结膜炎，要互相鉴别，春季角结膜炎多发于青少年，男性多为女性，有自限性，青春期自行缓解，好发于春季，上睑结膜有大量的乳头，不会产生结膜瘢痕，角膜可见钝性溃疡，角膜瘢痕常见，没有视力损害，不会产生角膜新生血管。而特异性角结膜炎多发于中老年人，无性别差异，呈慢性过程，好发于全年，下睑结膜及下穹隆结膜，产生结膜乳头，常见结膜瘢痕，持续性角膜上皮缺损，角膜疤痕常见，会产生视力损害，可能引起角膜新生血管。特异性角结膜炎还需要和巨乳头性结膜炎鉴别，巨乳头性结膜炎患者，通常佩戴角膜接触镜，过敏性结膜炎进行鉴别，过敏性结膜炎，为自限性疾病，无慢性结膜炎症，患者无眼部皮肤的湿疹改变。