卵巢囊肿的类型特别多，不同的卵巢囊肿，形成就会有一定差异。
比如是卵巢巧克力囊肿，常常都认为是女性的子宫内膜从宫腔内异位到宫腔以外形成的，也可能是在月经期同房引起的，还有可能是多次生产分娩，或者是进行人工流产，导致异位的子宫内膜在卵巢上周期性的增生、萎缩、坏死，从而引起囊肿的出现，而且囊肿内的液体是巧克力样的。
如果是普通的卵巢囊肿，有可能是盆腔炎症刺激形成的，也有可能是卵巢分泌的雌孕激素刺激而导致的。