食管穿孔是食管癌放疗过程中或放疗后严重的并发症。其发生的主要原因是肿瘤组织消退速度与正常组织修复速度不均衡所致。肿瘤的消退过快与肿瘤放疗敏感性及照射剂量大、速度快有关。腔内型、蕈伞型食管癌对放疗较敏感，放疗时应警惕穿孔的可能。而影响正常组织修复能力的原因有放疗后纤维化，局部血液供应差，合并感染，局部大量炎性细胞渗出。
食管癌放疗后局部组织水肿，加上食管癌患者免疫功能减退，容易继发白色念珠菌等真菌感染。食管念珠菌病，尤其是坏死性真菌性食管炎，极易导致食管穿孔。
在食管癌放疗发生穿孔的病例中，还有诸多原因扮演着重要角色。如放疗时同步化疗，还有放疗方式选择内照射等。