肛周脓肿自行破溃会流出脓液，一种处理方法是破溃处定期换药，将脓液逐渐引出，配合口服消炎药，脓液排干净后，伤口愈合；以后再次形成脓肿或破溃形成肛瘘，再行手术治疗。
另一种处理方法是，肛周脓肿破溃流脓后，要及时到医院就诊，行手术治疗，找到并处理内口，达到根治。
大多数肛周脓肿来源肛管内肛窦感染，肛周脓肿自行破溃流脓后，由于没有处理感染源内口，后期还会复发，会形成肛瘘。只有手术时找到并处理内口，才能使肛周脓肿治愈。