龟头疼痛可由多种原因所引起，常见原因可能为龟头炎，多考虑可能与包皮过长有关，由于在平时没能注重对包皮垢进行清洗，导致包皮垢过度堆积，就容易形成包皮龟头炎，进而导致龟头部位疼痛。之所以产生疼痛感，主要是炎症物质不断刺激所引起。
也可能为尿道炎所引起，如果在同房时没能注意卫生，或者平时不注意阴茎卫生，容易造成病菌入侵尿道诱发尿道炎，炎症物质对尿道口造成刺激，也会引起龟头疼痛。
另外，还可能为泌尿系统结石所引起，比如输尿管结石、肾结石等，当结石伴随病人的尿液到达尿道口时，也可引起龟头疼痛。