服用藿香正气水也有可能会引起过敏，由于患者的个体情况不同，有的患者应用这个药物，也可出现皮肤潮红、皮肤瘙痒、起皮疹等一些过敏反应。
尤其需要注意，如果自己对酒精成分过敏，服用这个药物是会诱发过敏反应的。因为本药物组方中，也含有一定的酒精，对此需要特别注意。
如果服用本药物，出现了上述一些不良反应时，一定要及时停药就诊，可在医生指导下，改换其他药物治疗。
另外，服用藿香正气水期间需要注意，这个药物不得与头孢类的抗生素，或硝基咪唑类药物同时使用，以免引起不良反应。