临床上肾结核与肺结核的治疗方案一样并不存在比肺结核难治。
也就是无论是肺结核还是肾结核，都存在有难治性的可能，关键是需要早期发现、早期诊断，而且诊断清楚以后一定要按照疗程规律治疗。只有这样肾结核、肺结核都容易治好，否则如果药物选择不适当，没有达到治疗的疗程，中途减药、停药，都会产生耐药性，影响药物的疗效，从而导致难治。
肾结核大多数是由于肺结核引起，所以有肺结核的患者一定要进行肾脏的检查，避免出现肾脏的结核感染。如果肾结核发现过晚或者药物治疗效果不佳，需要进行肾脏切除手术。