在确定为细菌性肠炎后，首先要进行抗感染治疗，如输注抗生素，常用的抗生素有头孢菌素、左氧氟沙星等。
细菌性肠炎经常伴随着大便次数增多，有时甚至是水样大便，因强烈的胃肠道刺激，患者还会出现恶心、呕吐、头晕、乏力等症状，这时就要进行补液治疗。补液时还要注意补充电解质，因为剧烈的腹泻，会导致肠道丢失大量的钠、钾等电解质，还可以口服保护肠道黏膜的药物，如蒙脱石散。
病情比较轻的，可通过口服补液盐补充机体所丢失的液体及电解质，一些清热解毒、具有抗炎作用的中成药，也是可以使用的。