慢性肠炎和慢性结肠炎的病因不同，症状不同，诊断依据也是不一样的。
症状有明显差异，慢性肠炎患者易出现恶心、呕吐、腹泻等症状。长期出现慢性和反复腹痛症状，病情严重者有出血、穿孔及中毒性肠扩张，甚至息肉增生或癌变。结肠炎患者的腹泻和腹痛尤为明显，伴有粘液便和脓血便。长期疾病患者的电解质紊乱和酸碱平衡紊乱给患者带来了更多的不便和麻烦。
两者的病因不同，慢性肠炎的发生主要与病毒性肠炎有关，结肠炎的发生与遗传因素和环境因素有关，对结肠健康造成严重损害。
诊断依据不同，慢性肠炎需要对呕吐物和大便进行培养，这将给疾病的诊断带来更多帮助。结肠炎患者伴有剧烈腹痛，伴有突然复发、持续或反复腹泻等症状，导致特殊问题。