一部分肾囊肿的患者会出现腰疼，尤其是肾囊肿比较大，超过4cm或者是巨大的肾囊肿发生后。
由于对肾实质不断压迫，会有肾内的梗阻而出现明显的腰疼症状，常常会伴随血尿、尿路的感染，以及在腹部检查时，可以触到增大的肾脏，肾区的叩击痛比较明显。
同时，当肾囊肿的患者出现反复的囊内感染或者囊内出血时，腰疼会更加地明显。需要进行消炎治疗的同时，尽可能在超声介入引导下，使囊肿内的囊液引流、消除感染、控制症状，才可以使腰疼得以改善。