对于有阴道横隔的女性，通常确实会有危害出现，这是因为女性在月经来潮以后，由于阴道横隔的阻碍就会影响月经血的排出，所以这类女性就会出现周期性的下腹部疼痛。
一般在检查确诊是阴道横隔以后，都需要进行手术将阴道横隔切除，而且阴道横隔不但会影响月经血的排出，还会影响女性的生育功能，导致女性不能怀孕，同时会影响女性的性生活，因为阴道是性交器官，所以在出现阴道横隔以后，女性就没办法怀孕，也没办法正常性生活。
绝大多数阴道横隔，都是由于先天性的生长发育异常导致，但如果女性只是单纯的阴道横隔，在进行手术切除以后，通常没有其它的影响。