遗精之后，尿道刺痛可能与黏膜损伤、尿道感染、前列腺增生等有关。
1.黏膜损伤。当发生夜间遗精时，男性生殖器中有关射精的肌肉会不自觉用力，过度用力造成男性尿道黏膜损伤。当再次遗精时，刺激小的伤口会产生刺痛的现象。
2.尿道感染。当成年男性不注意生殖器局部清洁卫生，尿道感染时，大肠癌细菌会刺激尿道产生炎症致痛因子，导致遗精时出现疼痛。
3.前列腺增生。男性射精管经过前列腺，当前列腺增生时会压迫射精管，在遗精时，由于需要用力才能射精，故肌肉收缩更加用力会产生刺痛感。