巧克力囊肿一般不会自己好。只有针对一些绝经后的妇女，如果巧克力囊肿比较小，就有可能会缩小或者消失。
因为巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上形成，只要还有月经，每次来月经的时候，卵巢内会出血，巧克力囊肿就会增大，会导致症状的加重。比如会引起痛经、盆腔疼痛，也会引起盆腔的粘连。有些会影响卵巢的分泌功能，引起排卵障碍。还会引起输卵管的堵塞，导致不孕不育以及宫外孕。
所以，在绝经之前，巧克力囊肿是不会自己好，如果症状明显，还是应该进行手术治疗，恢复盆腔的正常结构，恢复卵巢的功能。绝经之后，有些巧克力囊肿就有可能自己好。