肛瘘在病情平稳期时一般无明显的症状，患者只会感觉肛门周围轻微的不适，不会有出汗的情况，不会影响正常的生活、工作和学习。
如果肛瘘处在急性感染期，因瘘管及外口处引流不畅，大量的脓液及坏死组织存积在瘘管内，导致形成新的肛周脓肿，这时患者就可能有发热、出汗、肛门疼痛剧烈、大小便排出困难等症状。
这时要及时进行抗感染治疗，必要时还要将脓肿切开引流或者行脓肿根治术，这样才能使肛瘘的病情得到缓解，从而进一步得到治愈。