膀胱炎是泌尿系统常见的炎症性疾病，绝大多数患者都是由细菌感染所引起的，所以主要的治疗药物是抗生素，但抗生素的选择要有针对性。
由于膀胱炎以革兰氏阴性菌感染最为多见，所以在细菌培养及药敏检查结果没有出来之前，首先应经验性选择抗革兰氏阴性菌作用较强的药物，如左氧氟沙星等喹诺酮类抗生素、头孢他啶等第三代头孢菌素类抗生素等。观察疗效的同时结合细菌培养的结果来调整抗生素种类及剂量。如果是支原体或衣原体等特殊病原体导致的膀胱炎，则需要选择大环内酯类抗生素治疗，如红霉素、罗红霉素等。
有少部分膀胱炎可能是由于化疗药物刺激、自身免疫性疾病所导致的，而无致病细菌存在。这些患者抗生素治疗无明显疗效，需要予以免疫抑制剂来治疗，其中糖皮质激素是较多使用的药物。