造成垂体性矮小的原因可能是染色体异常、内分泌障碍，也可能是由于垂体的一级器官下丘脑出现了病变或是垂体的自身存在问题。
主要是由于垂体的功能出现问题，造成了生长激素分泌不足所引发的一种缺乏症。如果下丘脑出现了病变，导致生长激素减少释放，同时脑垂体也会减少生长激素的分泌，从而导致垂体性矮小。
有一些患者脑垂体发育不良、发育缺陷或者是脑垂体部长了肿瘤，损害了脑垂体的分泌功能，进而也导致了肾脏激素减少的情况。除肿瘤之外，导致脑垂体分泌功能损伤的原因还有可能是由于放射性治疗，另外有些患儿在儿童时期感染过化脓性脑膜炎或者病毒性脑炎，也会使垂体功能受到影响。