避孕药的不良反应主要表现在胃肠道、月经改变，以及体重和皮肤的变化上。胃肠道可能会出现恶心、呕吐等类早孕反应，有些人可能会出现阴道不规则流血、月经稀发，甚至闭经等月经改变。有些女性还可能会出现体重增加、皮肤出现色斑改变等。
这些不良反应不是每个女性都会出现，也不是所有的反应都出现，跟个人体质有关，并且跟服用的避孕药种类有一定的关系。短效避孕药规律服用副作用相对比较小，只要规律服用，不出现漏服，一般不会有很重的不良反应。长效避孕药不良反应比较重。
紧急避孕药只能作为补救措施，不能当成常规避孕药应用，并且一年最多不能使用超过两次。