胃溃疡和十二指肠溃疡二者临床表现相似，但还是有些许不同，需要加以鉴别。首先，季节性不同，胃溃疡四季皆可发病，但是十二指肠溃疡主要好发于秋季末，冬季初。
其次，二者疼痛部位不同，胃溃疡疼痛多发生在剑突下正中或者是上腹部偏左位置，但是十二指肠溃疡的疼痛，是在上腹正中或者略偏右的位置。
最后，二者的疼痛规律不同，胃溃疡疼痛多发生于餐后半小时至2小时，并且发作时间为1~2小时，但是在下次进餐前疼痛消失。但十二指肠溃疡疼痛是发生于在餐后3~4小时，并且持续到下次进餐，进食后疼痛可缓解，当然有些也可发生于夜间，又叫夜间痛。