对于颅裂，如果是显性颅裂，如果情况允许，一般建议在1岁之前进行手术。
如果因为其他原因不能进行早期手术，需要对膨出的囊进行保护，防止感染和破溃。手术的目的在于切除膨出的囊壁，保护神经功能。颅底裂者手术主要目的为脑脊液漏的修补，防止气颅与颅内感染。当伴发了脑积水，应该先进行脑脊液分流手术。如果伴发了严重的脑畸形，膨出物有脑干组织者为手术禁忌症，也就是不能进行手术。对于顶盖部的隐性颅裂，一般也需要外科治疗，以封闭缺损，防止将来反复的神经系统感染。