包皮龟头炎发作的时候是不可以用酒精消毒的，当包皮龟头炎发作的时候，包皮及龟头往往会有浅小的糜烂、充血和溃疡，用酒精消毒会导致黏膜损伤。
包皮龟头炎患者局部用清洗液清洗，滴虫性的龟头炎可用0.5%~1%的乳酸溶液，0.5%的醋酸溶液或1:5000的高锰酸钾溶液，清洗龟头及包皮内侧。细菌感染所致的包皮龟头炎，可用3%的硼酸溶液清洗包皮和龟头，念珠菌感染的包皮龟头炎可用碳酸氢钠溶液来清洗。
在治疗期间，应尽量保持包皮局部的清洁和干燥，用清洗液清洗包皮及龟头之后，可在局部涂抹药膏预防感染。