胚胎停育如果只是偶然发生了一次，并不需要常规进行染色体检查。但是如果是发生了两次，甚至两次以上的胚胎停育或者是自然流产，就建议要进行染色体检查了。
首先，建议夫妻双方进行染色体检查。另外，流产的胚胎最好也能送染色体化验，可以及时的发现由于染色体异常所导致的胚胎停育。胚胎停育最常见的原因就是染色体异常，尤其是两次以上的胚胎停育。所以进行染色体检查是第一步。
另外，如果是长期的反复发生的胚胎停育，还与有可能与病毒感染有关，比如弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒等。所以，两次以上的胚胎停育还建议进行病毒方面的检测。另外，就是自身免疫性疾病的相关检查，也与胚胎停育有关。