男性生殖器畸形的治疗方法有很多，针对不同的畸形，选择不同的治疗方法。
大部分生殖器畸形需要行手术治疗，对于绝大部分阴茎发育异常、睾丸畸形、输精管畸形的患者，通过手术治疗，都能够从外观上使生殖器得以正常化，有些畸形通过手术还可以使功能正常化。
而有一些通过手术治疗不能改善患者症状，对于一部分输精管畸形和绝大部分的前列腺、精囊腺先天性畸形的患者，是不能通过手术治疗来代替原有器官的功能，对于这一部分疾病而引起的并发症，只能给予对症治疗。