果酸祛痘的副作用主要是对皮肤的角质层会形成一定的刺激性改变，所谓的果酸指的是一种酸性的液体，果酸祛痘使用这种酸性的液体涂抹在痘痘的皮肤表面，从而使已经形成的白头粉刺或者黑头粉刺软化播脱掉。
并且能够使堵塞毛囊口的角栓溶解，使毛囊内部再次充满氧气，从而达到抑制痤疮丙酸杆菌的作用。这种情况虽然可以祛痘，但是因为其酸性程度较高，所以会导致局部皮肤的角质层有明显的刺激感。
在治疗的过程中就会出现明显的刺痛，治疗好之后脸部会处于一段时间的潮红状态，所以需要配合修复类的面膜来改善这种副作用。