药物可以更好治疗脑栓塞。脑栓塞如果在发病六小时内，只要无明显在禁忌症，可立即进行溶栓治疗。常用的溶栓药物有阿替普酶、尿激酶等。这类药物可以改善脑部血流灌注，更大程度的降低脑神经细胞的损伤。
如果发病超过了溶栓的时间窗，可以应用营养神经的药物，如依达拉奉或者神经节苷脂。以及建立脑部侧枝循环的药物，如丁苯酞注射液。
以及抗血小板聚集的药物，如拜阿司匹林、波立维。以及调脂稳定方块的药物，如阿托伐他汀钙、瑞舒伐他汀钙、辛伐他汀等。